1条 （この法律の目的）
1項 この法律は、離島航路事業に関する国の特別の助成措置を定めることにより、離島航路の維持及び改善を図り、もつて民生の安定及び向上に資することを目的とする。
2条 （定義）
1項 この法律において「 離島航路 」とは、本土（本州、北海道、四国及び九州をいう。）と離島（本土に附属する島をいう。）とを連絡する航路、離島相互間を連絡する航路その他船舶以外には交通機関がない地点間又は船舶以外の交通機関によることが著しく不便である地点間を連絡する航路をいう。
2項 この法律において「 離島航路事業 」とは、 離島航路 における 海上運送法 （1949年法律第187号）
第2条第4項
《4 この法律において「旅客定期航路事業」…》
とは、旅客船13人以上の旅客定員を有する船舶をいう。以下同じ。により人の運送をする定期航路事業をいい、これを一般旅客定期航路事業と特定旅客定期航路事業と対外旅客定期航路事業とに分ける。
に規定する旅客定期航路事業で同法の適用を受けるものをいい、「離島航路事業者」とは、離島航路事業を営む者をいう。
3条 （航路補助）
1項 政府は、 離島航路 事業者に対し、毎年、予算の範囲内で、当該離島航路の維持を助成するための補助金（以下「 航路補助金 」という。）を交付することができる。
4条 （航路補助金の交付の申請）
1項 航路補助金 の交付を受けようとする者は、航路補助金の交付申請書に当該 離島航路 に関する次の事項を記載した運航計画書、航路損益見込計算書その他国土交通省令で定める書類を添付して、国土交通大臣に申請しなければならない。
1号 航路の起点、寄港地、終点及びこれら相互間の距離（航路図をもつて明示すること。）
2号 使用旅客船（予備船を含む。）の明細
3号 運航回数及び発着時刻
5条 （航路補助金を交付する場合）
1項 航路補助金 は、当該 離島航路 を維持するため特に必要がある場合であつて、前条の運航計画書に記載された運航計画が当該離島航路について国土交通大臣が認める輸送需要度に適合するものでなければ、これを交付してはならない。
6条 （国土交通大臣の指示）
1項 国土交通大臣は、 航路補助金 の交付を受ける者（以下「 補助航路事業者 」という。）に対し、当該 離島航路 事業のサービスの改善に関し、必要な指示をすることができる。
7条 （運航計画の変更）
1項 補助航路事業者 は、
第4条
《航路補助金の交付の申請 航路補助金の交…》
付を受けようとする者は、航路補助金の交付申請書に当該離島航路に関する次の事項を記載した運航計画書、航路損益見込計算書その他国土交通省令で定める書類を添付して、国土交通大臣に申請しなければならない。 1
の運航計画書に記載された運航計画の変更をしようとするときは、国土交通大臣の認可を受けなければならない。ただし、国土交通省令で定める軽微な事項に係る変更については、この限りでない。
2項 補助航路事業者 は、前項ただし書の事項について運航計画を変更したときは、遅滞なく、国土交通大臣にその旨を届け出なければならない。
3項 第1項の規定により運航計画の変更の認可を受け、又は前項の規定により運航計画の変更の届出をした者は、当該運航計画の変更につき、 海上運送法
第11条第1項
《一般旅客定期航路事業者がその事業計画を変…》
更しようとするときは、国土交通省令の定める手続により、国土交通大臣の認可を受けなければならない。 ただし、国土交通省令で定める軽微な事項に係る変更については、この限りでない。
若しくは
第11条の2第2項
《2 一般旅客定期航路事業者が指定区間に係…》
るその船舶運航計画を変更しようとするときは、前項の規定にかかわらず、国土交通省令の定める手続により、国土交通大臣の認可を受けなければならない。 ただし、国土交通省令で定める軽微な事項に係る変更について
の認可を受け、又は同法第11条第3項若しくは第11条の2第4項の届出をすることを要しない。
8条 （航路損益計算書等の提出）
1項 補助航路事業者 は、国土交通省令の定めるところにより、当該 離島航路 に関する航路損益計算書その他の書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
9条 （帳簿等の整理）
1項 補助航路事業者 は、当該 離島航路 事業の損益計算の根拠が明らかであるように関係帳簿及び書類の整理をしなければならない。
10条 （航路補助金の流用の禁止）
1項 航路補助金 は、その交付の目的以外の用途に使用してはならない。
11条 （航路補助金の交付の停止及び返還）
1項 国土交通大臣は、 航路補助金 の交付を受ける者又は航路補助金の交付を受けた者が左の各号の1に該当するときは、交付すべき航路補助金の全部若しくは一部を交付せず、又は既に交付した航路補助金の全部若しくは一部の返還を命ずることができる。
1号 第6条
《国土交通大臣の指示 国土交通大臣は、航…》
路補助金の交付を受ける者以下「補助航路事業者」という。に対し、当該離島航路事業のサービスの改善に関し、必要な指示をすることができる。
の規定による指示に従わないとき。
2号 第7条第1項
《補助航路事業者は、第4条の運航計画書に記…》
載された運航計画の変更をしようとするときは、国土交通大臣の認可を受けなければならない。 ただし、国土交通省令で定める軽微な事項に係る変更については、この限りでない。
若しくは第2項又は前条の規定に違反したとき。
3号 第8条
《航路損益計算書等の提出 補助航路事業者…》
は、国土交通省令の定めるところにより、当該離島航路に関する航路損益計算書その他の書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
の規定により提出する書類に虚偽の記載をしたとき。
12条から15条まで
1項 削除
16条 （権限の委任）
1項 この法律に規定する国土交通大臣の権限は、国土交通省令で定めるところにより、その一部を地方運輸局長（運輸監理部長を含む。）に委任することができる。
17条 （立入検査）
1項 国土交通大臣は、この法律の施行を確保するため必要があると認めるときは、その職員にこの法律の規定により助成を受ける 離島航路 事業者の使用する船舶、事業場その他の場所に立ち入り、帳簿書類その他の物件に関し検査をさせることができる。
2項 当該職員は、前項の規定により立入検査をする場合においては、その身分を示す証票を携帯し、利害関係人に呈示しなければならない。
3項 第1項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のため認められたものと解してはならない。
18条 （罰則）
1項 前条第1項の規定による検査を拒み、妨げ、又は忌避した者は、40,000円以下の罰金に処する。
19条 （施行規定）
1項 この法律に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な事項は、国土交通省令で定める。