附 則
1項 この命令は、 法 の施行の日（1993年4月1日）から施行する。
附 則（1995年6月14日総理府・農林水産省令第1号）
1項 この命令は、 絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律 の一部を改正する法律（1994年法律第52号）の施行の日（1995年6月28日）から施行する。
附 則（1998年4月28日総理府・農林水産省令第1号）
1項 この命令は、公布の日から施行する。
附 則（2000年2月8日総理府・農林水産省令第1号）
1項 この命令は、2000年4月1日から施行する。
附 則（2000年8月14日総理府・農林水産省令第4号）
1項 この命令は、 内閣法 の一部を改正する法律（1999年法律第88号）の施行の日（2001年1月6日）から施行する。
附 則（2003年7月17日農林水産省・環境省令第7号）
1条 （施行期日）
1項 この省令は、 絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律 の一部を改正する法律の施行の日（2003年7月20日）から施行する。
2条 （経過措置）
1項 この省令の施行の際現に交付されているこの省令による改正前の 特定国内種事業に係る届出等に関する省令 別記様式による証明書は、この省令による改正後の 特定国内種事業に係る届出等に関する省令 の様式によるものとみなす。
附 則（2007年4月20日農林水産省・環境省令第3号）
1条 （施行期日）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
2条 （経過措置）
1項 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の 特定国内種事業に係る届出等に関する省令 の様式（次項において「 旧様式 」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の 特定国内種事業に係る届出等に関する省令 の様式によるものとみなす。
2項 この省令の施行の際現にある 旧様式 により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附 則（2018年2月19日農林水産省・環境省令第1号）
1項 この省令は、 絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律 の一部を改正する法律の施行の日（2018年6月1日）から施行する。
2項 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の別記様式による証明書は、この省令による改正後の別記様式によるものとみなす。
附 則（令和元年6月17日農林水産省・環境省令第1号）
1項 この省令は、令和元年7月1日から施行する。
附 則（2024年4月1日農林水産省・環境省令第2号）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
2項 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の 特定国内種事業に係る届出等に関する省令 別記様式、 特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律施行規則 様式第三及び様式第七並びに 農用地の土壌の汚染防止等に関する法律第13条第1項の規定による立入調査をする職員の携帯する身分を示す証明書の様式を定める省令 別記様式（次項において「 旧様式 」という。）により使用されている証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
3項 この省令の施行の際現にある 旧様式 による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。