附 則
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（1999年6月11日農林水産省・運輸省・建設省令第2号）
1項 この省令は、 環境影響評価法 の施行の日（1999年6月12日）から施行する。
附 則（2003年3月28日農林水産省・国土交通省令第1号）
1項 この省令は、 自然公園法 の一部を改正する法律の施行の日（2003年4月1日）から施行する。ただし、第1条の2第1項第3号ルの改正規定は、鳥獣の保護及び狩猟の適正化に関する法律の施行の日（2003年4月16日）から施行する。
附 則（2004年12月15日農林水産省・国土交通省令第3号）
1項 この省令は、都市緑地保全法等の一部を改正する法律の施行の日（2004年12月17日）から施行する。
附 則（2005年3月29日農林水産省・国土交通省令第2号）
1項 この省令は、 文化財保護法 の一部を改正する法律の施行の日（2005年4月1日）から施行する。
附 則（2006年3月30日農林水産省・国土交通省令第1号）
1項 この省令は、2006年9月30日から施行する。ただし、附則第4項の規定は、公布の日から施行する。
2項 事業者がこの省令の施行の日（以下「 施行日 」という。）前に 環境影響評価法
第7条
《方法書についての公告及び縦覧 事業者は…》
、方法書を作成したときは、環境影響評価の項目並びに調査、予測及び評価の手法について環境の保全の見地からの意見を求めるため、環境省令で定めるところにより、方法書を作成した旨その他環境省令で定める事項を公
の規定に基づく方法書の公告を行っている 対象埋立て又は干拓事業 （公有水面の埋立て又は干拓の事業に係る環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査、予測及び評価を合理的に行うための 手法 を選定するための指針、環境の保全のための措置に関する指針等を定める省令第2条第1項に規定する対象埋立て又は干拓事業をいう。次項において同じ。）については、この省令による改正後の 公有水面の埋立て又は干拓の事業に係る環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査、予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針、環境の保全のための措置に関する指針等を定める省令 （以下「 新令 」という。）
第2条
《計画段階配慮事項に係る検討 第1種埋立…》
て又は干拓事業に係る法第3条の2第3項の規定による計画段階配慮事項の選定並びに当該計画段階配慮事項に係る調査、予測及び評価の手法に関する指針については、次条から第10条までに定めるところによる。
の規定にかかわらず、なお従前の例による。
3項 事業者が 施行日 前に 環境影響評価法
第16条
《準備書についての公告及び縦覧 事業者は…》
、前条の規定による送付を行った後、準備書に係る環境影響評価の結果について環境の保全の見地からの意見を求めるため、環境省令で定めるところにより、準備書を作成した旨その他環境省令で定める事項を公告し、公告
の規定に基づく準備書の公告を行っている 対象埋立て又は干拓事業 については、 新令 第2条から
第19条第1項
《事業者は、前条第1項の期間を経過した後、…》
関係都道府県知事及び関係市町村長に対し、同項の規定により述べられた意見の概要及び当該意見についての事業者の見解を記載した書類を送付しなければならない。
までの規定にかかわらず、なお従前の例による。
4項 事業者は、 施行日 前においても、 新令 第2条から
第18条
《準備書についての意見書の提出 準備書に…》
ついて環境の保全の見地からの意見を有する者は、第16条の公告の日から、同条の縦覧期間満了の日の翌日から起算して2週間を経過する日までの間に、事業者に対し、意見書の提出により、これを述べることができる。
までの規定の例による方法書の作成等を行うことができる。この場合において、当該方法書の作成等は、新令の相当する規定により施行日に行われたものとみなす。
附 則（2010年4月1日農林水産省・国土交通省令第1号）
1項 この省令は、 自然公園法 及び 自然環境保全法 の一部を改正する法律の施行の日（2010年4月1日）から施行する。
附 則（2013年4月1日農林水産省・国土交通省令第1号）
1項 この省令は、2013年4月1日から施行する。
附 則（2015年5月29日農林水産省・国土交通省令第2号）
1項 この省令は、鳥獣の保護及び狩猟の適正化に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（2015年5月29日）から施行する。
附 則（2015年6月1日農林水産省・国土交通省令第3号）
1項 この省令は、放射性物質による環境の汚染の防止のための関係法律の整備に関する法律（2013年法律第60号）附則第1条第2号に掲げる規定の施行の日（2015年6月1日）から施行する。