附 則
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（2003年11月28日農林水産省・経済産業省・環境省令第1号）
1項 この省令は、2003年12月1日から施行する。
附 則（2005年3月7日農林水産省・経済産業省・環境省令第1号）
1項 この省令は、 不動産登記法 の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律の施行の日（2005年3月7日）から施行する。
附 則（2007年11月30日農林水産省・経済産業省・環境省令第1号）
1項 この省令は、 食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律 の一部を改正する法律（2007年法律第83号）の施行の日（2007年12月1日）から施行する。
附 則（2011年3月31日農林水産省・経済産業省・環境省令第1号）
1項 この省令は、 廃棄物の処理及び清掃に関する法律 の一部を改正する法律の施行の日（2011年4月1日）から施行する。
附 則（2012年7月6日農林水産省・経済産業省・環境省令第2号）
1項 この省令は、 住民基本台帳法 の一部を改正する法律の一部及び出入国管理及び難民認定法及び 日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法 の一部を改正する等の法律の施行の日（2012年7月9日）から施行する。
附 則（2015年7月31日農林水産省・経済産業省・環境省令第1号）
1項 この省令は、2015年9月1日から施行する。
2項 この省令の施行前にされた 食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律
第11条第1項
《食品循環資源を原材料とする肥料、飼料その…》
他第2条第5項第1号の政令で定める製品以下「特定肥飼料等」という。の製造を業として行う者は、その事業場について、主務大臣の登録を受けることができる。
の登録又は同法第12条第1項の登録の更新の申請であって、この省令の施行の際、登録又は登録の更新をするかどうかの処分がされていないものについてのこれらの処分については、なお従前の例による。
附 則（令和元年7月12日農林水産省・経済産業省・環境省令第4号）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
2項 この省令の施行前にされた 食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律
第11条第1項
《食品循環資源を原材料とする肥料、飼料その…》
他第2条第5項第1号の政令で定める製品以下「特定肥飼料等」という。の製造を業として行う者は、その事業場について、主務大臣の登録を受けることができる。
の登録又は同法第12条第1項の登録の更新の申請であって、この省令の施行の際、登録又は登録の更新をするかどうかの処分がされていないものについてのこれらの処分については、なお従前の例による。
附 則（2020年12月1日農林水産省・経済産業省・環境省令第1号）
1項 この省令は、肥料取締法の一部を改正する法律の施行の日（2020年12月1日）から施行する。
附 則（2024年2月28日農林水産省・経済産業省・環境省令第1号）
1項 この省令は、2024年4月1日から施行する。
附 則（2024年3月29日農林水産省・経済産業省・環境省令第2号）
1項 この省令は、2024年4月1日から施行する。