附 則 抄
1項 この命令は、公布の日から施行する。ただし、附則第3項及び第4項の規定は、2003年10月1日から施行する。
2項 協会 法附則第2条第4項の規定により政府から出資があったものとされた償却資産は、
第9条第1項
《協会の会計については、この命令の定めると…》
ころにより、この命令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
の規定による内閣総理大臣（ 貸付業務 等に関する事項については、内閣総理大臣及び農林水産大臣）の指定があったものとみなす。
3項 北方領土問題対策 協会 の財務及び会計に関する命令（1969年総理府・農林省令第2号）は、廃止する。
附 則（2010年4月1日内閣府・農林水産省令第2号）
1項 この命令は、 北方領土問題等の解決の促進のための特別措置に関する法律 の一部を改正する法律（2009年法律第75号）の施行の日（2010年4月1日）から施行する。
附 則（2010年11月26日内閣府・農林水産省令第8号）
1項 この命令は、独立行政法人 通則法 の一部を改正する法律（2010年法律第37号）の施行の日（2010年11月27日）から施行する。
附 則（2013年3月1日内閣府・農林水産省令第1号）
1項 この命令は、公布の日から施行する。
附 則（2015年3月30日内閣府・農林水産省令第3号）
1条 （施行期日）
1項 この命令は、独立行政法人 通則法 の一部を改正する法律（次条において「 改正法 」という。）の施行の日（2015年4月1日）から施行する。
2条 （業務実績等報告書に係る経過措置）
1項 改正法 附則第8条第1項の規定により改正法による改正前の独立行政法人 通則法
第29条第1項
《主務大臣は、3年以上5年以下の期間におい…》
て中期目標管理法人が達成すべき業務運営に関する目標以下「中期目標」という。を定め、これを当該中期目標管理法人に指示するとともに、公表しなければならない。 これを変更したときも、同様とする。
の中期目標が改正法による改正後の 独立行政法人通則法
第29条第1項
《主務大臣は、3年以上5年以下の期間におい…》
て中期目標管理法人が達成すべき業務運営に関する目標以下「中期目標」という。を定め、これを当該中期目標管理法人に指示するとともに、公表しなければならない。 これを変更したときも、同様とする。
の中期目標とみなされる場合におけるこの命令による改正後の独立行政法人北方領土問題対策 協会 の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令（以下この条及び次条において「 新命令 」という。）第8条第1項及び
第23条第2項
《2 主務大臣又は法人の長は、それぞれその…》
任命に係る役員が次の各号の1に該当するとき、その他役員たるに適しないと認めるときは、その役員を解任することができる。 1 心身の故障のため職務の遂行に堪えないと認められるとき。 2 職務上の義務違反が
の規定の適用については、 新命令 第8条第1項の表事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書の項中「通則法第29条第2項第2号に」とあるのは「 独立行政法人通則法 の一部を改正する法律（2014年法律第66号）による改正前の通則法（以下「 旧通則法 」という。）第29条第2項第3号に」と、「同項第3号から第5号まで」とあるのは「同項第2号、第4号及び第5号」と、「通則法第29条第2項第2号から第5号」とあるのは「 旧通則法 第29条第2項第2号から第5号」とし、同表中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項及び中期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書の項中「通則法第29条第2項第2号に」とあるのは「旧通則法第29条第2項第3号に」と、「同項第3号から第5号まで」とあるのは「同項第2号、第4号及び第5号」と、「通則法第29条第2項第2号から第5号」とあるのは「旧通則法第29条第2項第2号から第5号」とし、新命令第23条第2項中「 独立行政法人通則法 の一部を改正する法律（2014年法律第66号）」とあるのは「 独立行政法人通則法 の一部を改正する法律」とする。
3条 （事業報告書の作成に係る経過措置）
1項 新命令 第14条第3項の規定は、この命令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附 則（2019年3月25日内閣府・農林水産省令第4号）
1条 （施行期日）
1項 この命令は、2019年4月1日から施行する。
2条 （財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
1項 この命令による改正後の独立行政法人北方領土問題対策 協会 の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令第13条及び
第14条
《事業報告書の作成 協会に係る通則法第3…》
8条第2項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。 2 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。 1 協会の目的及び業務内容 2 国の政策における協会の
の規定は、この命令の施行の日（以下「 施行日 」という。）以後に開始する事業年度に係る財務諸表（独立行政法人 通則法
第38条第1項
《独立行政法人は、毎事業年度、貸借対照表、…》
損益計算書、利益の処分又は損失の処理に関する書類その他主務省令で定める書類及びこれらの附属明細書以下「財務諸表」という。を作成し、当該事業年度の終了後3月以内に主務大臣に提出し、その承認を受けなければ
に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）及び事業報告書（同法第38条第2項に規定する事業報告書をいう。以下同じ。）について適用し、 施行日 前に開始した事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
附 則（令和元年6月28日内閣府・農林水産省令第3号）
1項 この命令は、公布の日から施行する。
附 則（2022年2月22日内閣府・農林水産省令第2号）
1項 この命令は、公布の日から施行する。