附 則
1項 この命令は、2005年4月1日から施行し、同日に開始する事業年度から適用する。
2項 求償権償却引当金については、当分の間、
第32条第3項
《3 前項の規定にかかわらず、第19条ただ…》
し書の規定により投資その他の資産の部に記載された求償権について取立不能のおそれがある場合には、取立不能の見込額を控除する形式で求償権償却引当金の科目をもって記載しなければならない。
の規定にかかわらず、区分された資金種類ごとに附則付録第1に掲げる算式により算出される額の合計額とすることができる。
3項 保証責任準備金については、当分の間、
第43条第2項
《2 前項の準備金は、保証債務の額を基礎と…》
して付録に掲げる算式により算出しなければならない。
の規定にかかわらず、区分された資金種類ごとに付録に掲げる算式により算出される額の合計額が前年度までに積み立てられた保証責任準備金の額を超える場合には、その超える額に6分の1を乗じて得た額に前年度までに積み立てられた保証責任準備金の額を加えた額とすることができる。
4項 債務保証損失引当金については、当分の間、
第50条第2項
《2 前項の債務保証の損失に備えるための引…》
当金は、事業年度終了の時の保証残高を被保証者の財務状況及び返済能力に応じて被保証者ごとに区分し、当該区分ごとの事故率被保証者の区分ごとの保証残高に対する弁済した保証債務の額の総額元本部分に限る。の割合
の規定にかかわらず、区分された資金種類ごとに附則付録第2に掲げる算式により算出される額の合計額とすることができる。ただし、大口保証案件（事業年度終了の時の個別の保証債務の額が大きい上位五百件の保証案件（保証債務の額が50,010,000円以上である保証案件を含む。）をいう。）については、当該保証案件ごとの被保証者の財務状況及び返済能力を個別に把握し、個別の予想される損失額に対し引き当てることとする。
附 則（2007年3月30日内閣府・農林水産省令第1号）
1項 この命令は、公布の日から施行し、この命令による改正後の農業信用 基金協会 の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書並びに計算に関する命令は、2006年4月1日以後に開始した事業年度から適用する。
附 則（2008年11月28日内閣府・農林水産省令第11号）
1項 この命令は、 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律 の施行の日（2008年12月1日）から施行する。
附 則（2009年4月20日内閣府・農林水産省令第4号）
1項 この命令は、公布の日から施行する。
2項 この命令による改正後の農業信用 基金協会 の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書並びに計算に関する命令別紙様式第1号は、2009年3月31日以後に終了する事業年度に係るものについて適用し、同日前に終了する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。
附 則（2010年8月12日内閣府・農林水産省令第4号）
1項 この命令は、農業経営に関する金融上の措置の改善のための農業改良資金助成法等の一部を改正する法律（2010年法律第23号）の施行の日（2010年10月1日）から施行する。
2項 この命令による改正後の農業信用 基金協会 の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書並びに計算に関する命令は、2010年4月1日に開始した事業年度から適用する。
附 則（2014年3月24日内閣府・農林水産省令第3号）
1項 この命令は、農業の構造改革を推進するための 農業経営基盤強化促進法 等の一部を改正する等の法律（2013年法律第102号）の施行の日（2014年4月1日）から施行し、同日に開始する事業年度から適用する。
附 則（令和元年5月7日内閣府・農林水産省令第1号）
1項 この命令は、公布の日から施行する。