附 則
1条 （施行期日）
1項 この省令は、 日本道路公団等民営化関係法施行法 （2004年法律第102号）の施行の日（2005年10月1日）から施行する。
2条 （不動産登記規則の準用に関する経過措置）
1項 不動産登記規則 附則第15条第4項第1号及び第3号の規定については、 機構 を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
附 則（2006年3月30日国土交通省令第19号）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（2007年9月28日国土交通省令第85号）
1条 （施行期日）
1項 この省令は、公布の日から施行し、この省令による改正後の独立行政法人日本高速道路保有・債務返済 機構 に関する省令第11条の二及び次条の規定は、2005年10月1日から適用する。
2条 （償却資産の指定の特例）
1項 機構 の成立の際、 日本道路公団等民営化関係法施行法 （2004年法律第102号）
第15条第1項
《公団は、会社及び機構の成立の時において解…》
散するものとし、その一切の権利及び義務は、次項の規定により国及び出資地方公共団体が承継する資産を除き、前条第3項の認可を受けた実施計画同条第4項の認可があったときは、変更後の実施計画。以下「承継計画」
の規定により機構が本州四国連絡橋公団から承継した償却資産のうち、 日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律 （1998年法律第136号。以下「 債務等処理法 」という。）附則第7条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（1986年法律第90号）附則第11条第1項に規定する鉄道施設に係る資産（同項の規定により 債務等処理法 附則第2条の規定による解散前の日本国有鉄道清算事業団が負担した債務に係る資産のうち機構が承継したものを除く。）については、
第11条の2第1項
《国土交通大臣は、機構が業務のため取得しよ…》
うとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
の指定を受けたものとみなす。
附 則（2009年3月31日国土交通省令第29号）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（2009年4月30日国土交通省令第32号）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（2010年11月26日国土交通省令第55号） 抄
1条 （施行期日）
附 則（2011年7月29日国土交通省令第55号）
1項 この省令は、 日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律 等の一部を改正する法律の施行の日（2011年8月1日）から施行する。
附 則（2013年9月2日国土交通省令第74号） 抄
1条 （施行期日）
附 則（2014年2月28日国土交通省令第15号）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（2014年3月7日国土交通省令第18号）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（2014年6月25日国土交通省令第56号）
1項 この省令は、 道路法 等の一部を改正する法律の施行の日（2014年6月30日）から施行する。
附 則（2015年3月31日国土交通省令第19号） 抄
1条 （施行期日）
1項 この省令は、独立行政法人 通則法 の一部を改正する法律（以下「 改正法 」という。）の施行の日（2015年4月1日）から施行する。
2条 （中期目標管理法人となる独立行政法人の業務実績等報告書に係る経過措置）
1項 改正法 附則第8条第1項の規定により改正法による改正前の独立行政法人 通則法
第29条第1項
《主務大臣は、3年以上5年以下の期間におい…》
て中期目標管理法人が達成すべき業務運営に関する目標以下「中期目標」という。を定め、これを当該中期目標管理法人に指示するとともに、公表しなければならない。 これを変更したときも、同様とする。
の中期目標が改正法による改正後の 独立行政法人通則法
第29条第1項
《主務大臣は、3年以上5年以下の期間におい…》
て中期目標管理法人が達成すべき業務運営に関する目標以下「中期目標」という。を定め、これを当該中期目標管理法人に指示するとともに、公表しなければならない。 これを変更したときも、同様とする。
の中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの規定中「当該事業年度における業務の実績当該項目が通則法」とあるのは「当該事業年度における業務の実績（当該項目が 独立行政法人通則法 の一部を改正する法律（2014年法律第66号）による改正前の通則法（以下「 旧通則法 」という。）」と、「
第29条第2項第2号
《2 中期目標においては、次に掲げる事項に…》
ついて具体的に定めるものとする。 1 中期目標の期間前項の期間の範囲内で主務大臣が定める期間をいう。以下同じ。 2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する事項 3 業務運営の効率化
に」とあるのは「
第29条第2項第3号
《2 中期目標においては、次に掲げる事項に…》
ついて具体的に定めるものとする。 1 中期目標の期間前項の期間の範囲内で主務大臣が定める期間をいう。以下同じ。 2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する事項 3 業務運営の効率化
に」と、「同項第3号から第5号まで」とあるのは「同項第2号、第4号及び第5号」と、「結果当該項目が通則法」とあるのは「結果当該項目が 旧通則法 」と、「期間における業務の実績当該項目が通則法」とあるのは「期間における業務の実績当該項目が旧通則法」とする。
1:10号 略
11号 独立行政法人日本高速道路保有・債務返済 機構 に関する省令第7条の2第1項
4条 （事業報告書の作成に係る経過措置）
1項 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、 改正法 の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
1:16号 略
17号 独立行政法人日本高速道路保有・債務返済 機構 に関する省令第12条の2第3項
附 則（2017年1月23日国土交通省令第3号）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（2018年9月28日国土交通省令第74号）
1項 この省令は、 道路法 等の一部を改正する法律の施行の日（2018年9月30日）から施行する。
附 則（2019年3月29日国土交通省令第29号）
1条 （施行期日）
1項 この省令は、公布の日から施行する。
2条 （財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
1項 この省令による改正後の規定の2019年4月1日前に開始する事業年度における適用については、なお従前の例による。
附 則（令和元年6月27日国土交通省令第16号） 抄
1項 この省令は、公布の日から施行する。
附 則（2020年11月20日国土交通省令第90号）
1項 この省令は、 道路法 等の一部を改正する法律の施行の日（2020年11月25日）から施行する。
附 則（2022年3月29日国土交通省令第17号）
1項 この省令は公布の日から施行する。
附 則（2023年9月1日国土交通省令第65号）
1項 この省令は、 道路整備特別措置法 及び独立行政法人日本高速道路保有・債務返済 機構 法の一部を改正する法律の施行の日（2023年9月6日）から施行する。