附 則
1項 この省令は、2005年10月1日から施行する。
2項 法 第2条の2第1項の規定により流域別下水道整備総合計画を定めることとされている公共の水域又は海域（二以上の地方整備局の管轄区域にわたる水系に係る河川その他の公共の水域又は二以上の地方整備局の管轄区域における汚水により水質の汚濁が生じる海域に限る。）の全部又は一部について流域別下水道整備総合計画が定められていない場合において、当該流域別下水道整備総合計画が定められていない地域における下水道については、当該流域別下水道整備総合計画が定められるまでの間、本則第1号から第4号までの規定は適用しない。
3項 この省令の施行前に環境大臣が 法 第4条第2項又は法第25条の3第3項（同条第4項において準用する場合を含む。）の規定によりした行為は、相当の地方環境事務所長がした行為とみなし、この省令の施行前に当該規定により環境大臣に対してした行為は、相当の地方環境事務所長に対してした行為とみなす。
附 則（2012年6月4日環境省令第16号） 抄
1項 この省令は、公布の日から施行する。
2項 この省令の施行前に環境大臣が下水道法（1958年法律第79号）第4条第3項及び第5項（同条第6項において準用する場合を含む。）又は下水道法第25条の3第4項及び第6項（同条第7項において準用する場合を含む。）の規定によりした行為は、相当の地方環境事務所長がした行為とみなし、この省令の施行前に当該規定により環境大臣に対してした行為は、相当の地方環境事務所長に対してした行為とみなす。
附 則（2015年7月17日環境省令第28号）
1項 この省令は、 水防法 等の一部を改正する法律（2015年法律第22号）の施行の日（2015年7月19日）から施行する。
附 則（2021年10月25日環境省令第17号）
1項 この省令は、2021年11月1日から施行する。