附 則
1条 （施行期日）
1項 この規則は、2005年7月1日から施行する。
2条 （日本学術会議法の一部を改正する法律の施行の日までの経過措置）
1項 日本学術会議法 の一部を改正する法律（2004年法律第29号）の施行の日（以下「 法施行日 」という。）までの間において、
第1条第4項
《4 事務局長は、総会及び幹事会において議…》
長を補佐し、必要な場合には意見を述べることができる。
及び
第4条第8号
《企画課の所掌事務 第4条 企画課は、次に…》
掲げる事務をつかさどる。 1 事務局の所掌事務に関する総合調整に関すること。 2 事務局の機構に関すること。 3 法令案その他公文書類の審査及び進達に関すること。 4 日本学術会議の保有する情報の公開
中「幹事会」とあるのは、「運営審議会」と、
第4条第12号
《企画課の所掌事務 第4条 企画課は、次に…》
掲げる事務をつかさどる。 1 事務局の所掌事務に関する総合調整に関すること。 2 事務局の機構に関すること。 3 法令案その他公文書類の審査及び進達に関すること。 4 日本学術会議の保有する情報の公開
及び
第5条第4号
《管理課の所掌事務 第5条 管理課は、次に…》
掲げる事務をつかさどる。 1 機密に関すること。 2 官印及び公印に関すること。 3 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。 4 日本学術会議会員、日本学術会議連携会員及び委員会委員の人事に
中「日本学術会議連携会員」とあるのは、「研究連絡委員会の委員」と読み替えるものとする。
3条
1項 前条に定めるもののほか、 法施行日 までの間において、この規則の施行に関し必要な経過措置は、会長が定める。
附 則（2014年8月1日日本学術会議規則第1号）
1項 この規則は、公布の日から施行する。