制定文 内閣は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（2006年法律第26号）の施行に伴い、並びに同法附則第13条第7項の規定により読み替えて適用する独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法（1999年法律第192号）第16条第6項、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律附則第8条第3項及び第9項、第9条第3項（同法附則第17条第2項において準用する場合を含む。）、第13条第1項、第16条第3項及び第9項、第18条並びに
第23条
《独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機…》
構が行う積立金の処分に関する経過措置 整備法附則第8条第8項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行う積立金の処分については、第14条の規定による改正前の独立行政法人の組織、運営及
並びに関係法律の規定に基づき、この政令を制定する。
2章 経過措置
21条 （国家公務員退職手当法施行令の適用に関する経過措置）
1項 独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「 整備法 」という。）の施行の日前に 整備法 附則第4条第3項に規定する施行日前の研究機構等を退職した者に関する 国家公務員退職手当法施行令
第10条
《失業者の退職手当の支給官署の特例の適用を…》
受ける職員 法第1項に規定する政令で定める職員は、行政執行法人の職員とする。
の規定の適用については、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人水産総合研究センター及び独立行政法人さけ・ます資源管理センターを退職した者にあっては独立行政法人水産総合研究センターの、独立行政法人種苗管理センターを退職した者にあっては独立行政法人種苗管理センターの、独立行政法人家畜改良センターを退職した者にあっては独立行政法人家畜改良センターの、独立行政法人林木育種センターを退職した者にあっては独立行政法人林木育種センターの、独立行政法人水産大学校を退職した者にあっては独立行政法人水産大学校の、独立行政法人農業生物資源研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業生物資源研究所の、独立行政法人農業環境技術研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業環境技術研究所の、独立行政法人国際農林水産業研究センターを退職した者にあっては独立行政法人国際農林水産業研究センターの、独立行政法人森林総合研究所を退職した者にあっては独立行政法人森林総合研究所の事務所は、当該退職した者が所属していた 独立行政法人通則法 （1999年法律第103号）
第2条第2項
《2 この法律において「中期目標管理法人」…》
とは、公共上の事務等のうち、その特性に照らし、一定の自主性及び自律性を発揮しつつ、中期的な視点に立って執行することが求められるもの国立研究開発法人が行うものを除く。を国が中期的な期間について定める業務
に規定する特定独立行政法人の事務所とみなす。
22条 （独立行政法人農業者大学校等から国が承継する資産の範囲等）
1項 整備法 附則第8条第2項の規定により国が承継する資産は、農林水産大臣が財務大臣に協議して定める。
2項 前項の規定により国が承継する資産は、一般会計に帰属する。
23条 （独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行う積立金の処分に関する経過措置）
1項 整備法 附則第8条第8項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合 研究機構 が行う積立金の処分については、第14条の規定による改正前の 独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令 （この条及び
第28条
《独立行政法人水産総合研究センターが行う積…》
立金の処分に関する経過措置 整備法附則第16条第8項の規定により独立行政法人水産総合研究センターが行う積立金の処分については、旧令第5条から第8条まで及び別表の規定は、なおその効力を有する。 この場
において「 旧令 」という。）
第5条
《中期計画等に定めた不要財産の国庫納付 …》
独立行政法人は、中期目標管理法人通則法第2条第2項に規定する中期目標管理法人をいう。以下同じ。の中期計画通則法第44条第3項に規定する中期計画をいう。第7条第1項において同じ。において通則法第30条第
から
第8条
《簿価超過額の国庫への納付 独立行政法人…》
は、譲渡収入額に当該財産の帳簿価額を超える額以下この条において「簿価超過額」という。があった場合には、通則法第46条の2第3項ただし書の規定によりその全部又は一部の金額を国庫に納付しないことについて認
まで及び別表の規定は、なおその効力を有する。この場合において、 旧令 第5条第1項中「独立行政法人」とあるのは「独立行政法人のうち、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律2006年法律第26号。以下「整備法」という。）附則第8条第8項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「 研究機構 」という。）が積立金の処分を行うものとされている独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所（次条第1項において「 農業者大学校等 」という。）については、研究機構」と、「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「研究機構の2006年4月1日に始まる」と、「当該次の中期目標の期間の最初の事業年度の6月30日」とあるのは「同年6月30日」と、旧令第6条第1項中「独立行政法人」とあるのは「独立行政法人のうち、 農業者大学校等 については、研究機構」と、「当該期間最後の事業年度の次の事業年度の6月30日」とあるのは「2006年6月30日」と、旧令第7条中「期間最後の事業年度の次の事業年度の7月10日」とあるのは「2006年7月10日」と、旧令別表独立行政法人農業者大学校の項中「独立行政法人農業者大学校法」とあるのは「整備法附則第8条第8項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第21条の規定による廃止前の独立行政法人農業者大学校法」と、同表独立行政法人農業工学研究所の項中「独立行政法人農業工学研究所法」とあるのは「整備法附則第8条第8項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第21条の規定による廃止前の独立行政法人農業工学研究所法」と、同表独立行政法人食品総合研究所の項中「独立行政法人食品総合研究所法」とあるのは「整備法附則第8条第8項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第21条の規定による廃止前の独立行政法人食品総合研究所法」とする。
24条 （独立行政法人農業者大学校等の解散の登記の嘱託等）
1項 整備法 附則第8条第1項の規定により独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所が解散したときは、農林水産大臣は、遅滞なく、その解散の登記を登記所に嘱託しなければならない。
2項 登記官は、前項の規定による嘱託に係る解散の登記をしたときは、その登記記録を閉鎖しなければならない。
25条 （独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が承継する資産に係る評価委員の任命等）
1項 整備法 附則第9条第2項の評価委員は、次に掲げる者につき農林水産大臣が任命する。
1号 財務省の職員1人
2号 農林水産省の職員1人
3号 独立行政法人農業・食品産業技術総合 研究機構 の役員（2006年3月31日までの間は、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構の役員）1人
4号 学識経験のある者2人
2項 整備法 附則第9条第2項の規定による評価は、同項の評価委員の過半数の一致によるものとする。
3項 整備法 附則第9条第2項の規定による評価に関する庶務は、農林水産技術会議の事務局において処理する。
26条 （独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした出資に係る株式の処分を行う期限等）
1項 整備法 附則第13条第1項の政令で指定する日は、2016年3月31日とする。
2項 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合 研究機構 法施行令（2003年政令第389号。以下この条において「 機構法施行令 」という。）第2条及び第7条の規定は、 整備法 附則第13条第4項に規定する特例業務勘定について準用する。この場合において、 機構法施行令
第2条
《積立金の処分に係る承認の手続 国立研究…》
開発法人農業・食品産業技術総合研究機構次条第1項において「研究機構」という。は、独立行政法人通則法第35条の4第2項第1号に規定する中長期目標の期間以下この項において「中長期目標の期間」という。の最後
中「法第16条第3項」とあるのは、「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（2006年法律第26号）附則第13条第6項において準用する法第16条第3項」と読み替えるものとする。
3項 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合 研究機構 が 整備法 附則第13条第4項に規定する特例業務を行う場合には、 機構法施行令
第3条第1項
《研究機構は、法第16条第2項に規定する残…》
余があるときは、同項の規定による納付金以下「国庫納付金」という。の計算書に、当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他の当該国庫納付金の計算の基礎を明らか
中「同条第4項」とあるのは「同条第4項及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律2006年法律第26号。以下「整備法」という。）附則第13条第6項」と、「又は第3号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第3号に掲げる業務又は整備法附則第13条第4項に規定する特例業務」と、同条第2項中「又は第3号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第3号に掲げる業務又は整備法附則第13条第4項に規定する特例業務」と、機構法施行令第4条第1項中「同条第4項」とあるのは「同条第4項及び整備法附則第13条第6項」と、機構法施行令第6条中「に係る勘定」とあるのは「に係る勘定及び整備法附則第13条第4項に規定する特例業務勘定」とする。
27条 （独立行政法人さけ・ます資源管理センターから国が承継する資産の範囲等）
1項 整備法 附則第16条第2項の規定により国が承継する資産は、農林水産大臣が財務大臣に協議して定める。
2項 前項の規定により国が承継する資産は、一般会計に帰属する。
28条 （独立行政法人水産総合研究センターが行う積立金の処分に関する経過措置）
1項 整備法 附則第16条第8項の規定により独立行政法人 水産総合研究センター が行う積立金の処分については、 旧令 第5条から第8条まで及び別表の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧令第5条第1項中「独立行政法人」とあるのは「独立行政法人のうち、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律2006年法律第26号。以下「整備法」という。）附則第16条第8項の規定により独立行政法人水産総合研究センター（以下「 水産総合研究センター 」という。）が積立金の処分を行うものとされている独立行政法人さけ・ます資源管理センター（次条第1項において単に「さけ・ます資源管理センター」という。）については、水産総合研究センター」と、「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「水産総合研究センターの2006年4月1日に始まる」と、「当該次の中期目標の期間の最初の事業年度の6月30日」とあるのは「同年6月30日」と、旧令第6条第1項中「独立行政法人」とあるのは「独立行政法人のうち、さけ・ます資源管理センターについては、水産総合研究センター」と、「当該期間最後の事業年度の次の事業年度の6月30日」とあるのは「2006年6月30日」と、旧令第7条中「期間最後の事業年度の次の事業年度の7月10日」とあるのは「2006年7月10日」と、旧令別表独立行政法人さけ・ます資源管理センターの項中「独立行政法人さけ・ます資源管理センター法」とあるのは「整備法附則第16条第8項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される同法附則第21条の規定による廃止前の独立行政法人さけ・ます資源管理センター法」とする。
29条 （独立行政法人さけ・ます資源管理センターの解散の登記の嘱託等）
1項 整備法 附則第16条第1項の規定により独立行政法人さけ・ます資源管理センターが解散したときは、農林水産大臣は、遅滞なく、その解散の登記を登記所に嘱託しなければならない。
2項 登記官は、前項の規定による嘱託に係る解散の登記をしたときは、その登記記録を閉鎖しなければならない。
30条 （独立行政法人水産総合研究センターが承継する資産に係る評価委員の任命等）
1項 整備法 附則第17条第2項において準用する整備法附則第9条第2項の評価委員は、次に掲げる者につき農林水産大臣が任命する。
1号 財務省の職員1人
2号 農林水産省の職員1人
3号 独立行政法人 水産総合研究センター の役員1人
4号 学識経験のある者2人
2項 第25条第2項
《2 整備法附則第9条第2項の規定による評…》
価は、同項の評価委員の過半数の一致によるものとする。
の規定は、 整備法 附則第17条第2項において準用する整備法附則第9条第2項の規定による評価について準用する。
3項 整備法 附則第17条第2項において準用する整備法附則第9条第2項の規定による評価に関する庶務は、水産庁増殖推進部研究指導課において処理する。
31条 （独立行政法人水産総合研究センターによる国有財産の無償使用）
1項 整備法 附則第18条に規定する政令で定める国有財産は、整備法の施行の際現に専ら独立行政法人さけ・ます資源管理センターに使用されている庁舎等（ 国の庁舎等の使用調整等に関する特別措置法 （1957年法律第115号）
第2条第2項
《2 この法律において「庁舎等」とは、次に…》
掲げるものをいう。 1 行政財産のうち国の事務又は事業の用に供し、又は供するものと決定した庁舎その他の建物及びその附帯施設並びにこれらの敷地敷地となるべき土地を含む。以下同じ。 2 国の事務又は事業の
に規定する庁舎等をいう。）並びに工作物及びその敷地とする。
2項 農林水産大臣は、独立行政法人 水産総合研究センター の理事長の申請に基づき、独立行政法人水産総合研究センターに対し、前項の国有財産を無償で使用させることができる。