附 則
1条 （施行期日）
1項 この政令は、 改正法 の施行の日（2009年6月1日）から施行する。
2条 （薬事法施行令の一部改正に伴う経過措置）
1項 改正法 附則第2条の場合における 旧法 第26条第1項の許可については、この政令による改正前の薬事法施行令（以下「 旧令 」という。）第44条第1項、第45条から第49条まで及び第57条（これらの規定が 旧令 第83条の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の規定は、なおその効力を有する。
3条
1項 特例許可旧卸売一般販売業者 については、当該 旧法 第26条第3項ただし書の許可の有効期間の残存期間に限り、 旧令 第45条から第48条まで及び第57条（これらの規定が旧令第83条の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の規定は、なおその効力を有する。
4条
1項 改正法 附則第5条の場合における 旧法 第28条第1項の許可については、 旧令 第44条第1項、第45条から第49条まで及び第57条（これらの規定が旧令第83条の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の規定は、なおその効力を有する。
5条
1項 第6条
《改正法附則第5条の場合における許可の更新…》
改正法附則第5条の場合における薬事法第24条第2項の許可の更新については、旧法第28条第2項及び第3項旧法第83条第1項の規定により読み替えて適用される場合を含む。の規定は、なおその効力を有する。
の規定によりなおその効力を有するものとされた 旧法 第28条第2項に規定する政令で定める役員に準ずる者及び政令で定める基準については、それぞれ 旧令 第50条及び第51条の規定は、なおその効力を有する。
6条
1項 改正法 附則第10条（改正法附則第13条第2項において準用する場合を含む。）の場合における 旧法 第30条第1項の許可については、 旧令 第44条第1項、第45条から第48条まで及び第57条（これらの規定が旧令第83条の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の規定は、なおその効力を有する。
7条
1項 第7条
《改正法附則第10条の場合における許可の更…》
新 改正法附則第10条改正法附則第13条第2項において準用する場合を含む。の場合における薬事法第24条第2項の許可の更新については、旧法第30条第2項及び第3項の規定は、なおその効力を有する。
の規定によりなおその効力を有するものとされた 旧法 第30条第2項に規定する申請者に係る政令で定める役員に準ずる者及び同条第3項に規定する政令で定める必要な事項については、それぞれ 旧令 第50条及び第52条の規定は、なおその効力を有する。