1条 （目的）
1項 この法律は、産業構造及び国際的な競争条件の変化、急速な少子高齢化の進展その他の経済社会情勢の変化に対応して、産業競争力を強化するとともに、国民が豊かで安心して暮らすことができる社会を実現するためには我が国の科学技術の水準の著しい向上を図ることが重要であることに鑑み、特定国立研究開発法人による研究開発等を促進するため、政府による基本方針の策定、中長期目標等に関する特例その他の特別の措置等について定めることにより、世界最高水準の研究開発の成果の創出並びにその普及及び活用の促進を図り、もって国民経済の発展及び国民生活の向上に寄与することを目的とする。
2条 （定義）
1項 この法律において「 特定国立研究開発法人 」とは、国立研究開発法人（独立行政法人 通則法 （1999年法律第103号。以下「 通則法 」という。）第2条第3項に規定する国立研究開発法人をいう。以下同じ。）のうち、当該国立研究開発法人に係る研究開発等の実績及び体制を総合的に勘案して世界最高水準の研究開発の成果の創出が相当程度見込まれるものとして別表に掲げるものをいう。
2項 この法律において「 研究開発 」とは、科学技術に関する試験、研究又は開発をいう。
3項 この法律において「 研究開発等 」とは、 研究開発 並びにその成果の普及及び実用化をいう。
3条 （基本方針）
1項 政府は、 特定国立研究開発法人 による 研究開発 等を促進するための基本的な方針（以下「 基本方針 」という。）を定めなければならない。
2項 基本方針 には、次に掲げる事項を定めるものとする。
1号 特定国立研究開発法人 による 研究開発 等の促進の意義及び基本的な方向に関する事項
2号 特定国立研究開発法人 による 研究開発 等の促進に関して政府が講ずべき措置に関する基本的な事項
3号 特定国立研究開発法人 による 研究開発 等の促進を図るための体制の整備に関する事項
4号 前3号に掲げるもののほか、 特定国立研究開発法人 による 研究開発 等の促進に関し必要な事項
3項 内閣総理大臣は、総合科学技術・イノベーション会議の意見を聴いて、 基本方針 の案を作成し、閣議の決定を求めなければならない。
4項 内閣総理大臣は、前項の規定による閣議の決定があったときは、遅滞なく、 基本方針 を公表しなければならない。
5項 政府は、情勢の推移により必要が生じた場合には、 基本方針 を変更しなければならない。
6項 第3項及び第4項の規定は、前項の規定による 基本方針 の変更について準用する。
4条 （特定国立研究開発法人の長の解任に関する特例）
1項 特定国立研究開発法人 の主務大臣（ 通則法 第68条に規定する主務大臣をいう。次条において同じ。）は、通則法第23条第2項及び第3項に規定する場合のほか、特定国立研究開発法人の長（以下この条において「 法人の長 」という。）の職務の執行が適当でないため当該特定国立研究開発法人による世界最高水準の 研究開発 の成果の創出が見込まれない場合であって、その 法人の長 に引き続き当該職務を行わせることが適切でないと認めるときは、その法人の長を解任することができる。
5条 （中長期目標等に関する特例）
1項 特定国立研究開発法人 の主務大臣（以下単に「主務大臣」という。）は、 通則法 第35条の4第1項の規定により、中長期目標を定め、又はこれを変更するに当たっては、 基本方針 に基づかなければならない。
2項 特定国立研究開発法人 に関する 通則法 第35条の4第2項及び第3項、第35条の5第2項、第35条の6第7項及び第8項並びに第35条の7第3項及び第4項の規定の適用については、通則法第35条の4第2項第3号及び第35条の5第2項第2号中「業務運営の」とあるのは「業務運営の改善及び」と、通則法第35条の4第3項、第35条の6第7項及び第8項並びに第35条の7第3項及び第4項中「委員会」とあるのは「総合科学技術・イノベーション会議及び委員会」とする。
6条 （役職員の報酬、給与等の特例等）
1項 特定国立研究開発法人 に関する 通則法 第50条の11において準用する通則法第50条の2第3項及び第50条の10第3項の規定の適用については、通則法第50条の11において準用する通則法第50条の2第3項中「実績」とあるのは「実績並びに役員のうち世界最高水準の高度の専門的な知識及び経験を活用して遂行することが特に必要とされる業務に従事するものについて国際的に卓越した能力を有する人材を確保する必要性」と、通則法第50条の11において準用する通則法第50条の10第3項中「並びに職員」とあるのは「、職員」と、「雇用形態」とあるのは「雇用形態並びに専ら 研究開発 に従事する職員のうち世界最高水準の高度の専門的な知識及び経験を活用して遂行することが特に必要とされる業務に従事するものについて国際的に卓越した能力を有する人材を確保する必要性」とする。
2項 前項に規定するもののほか、 特定国立研究開発法人 の専ら 研究開発 に従事する職員（以下この項において「 研究者等 」という。）の給与その他の処遇については、 研究者等 が行う研究開発の内容及び成果についての国際的評価を勘案するとともに、優秀な人材の確保並びに若年の研究者等の育成及び活躍の推進に配慮して行うものとする。
7条 （主務大臣の要求）
1項 主務大臣は、科学技術に関する革新的な知見が発見された場合その他の科学技術に関する内外の情勢に著しい変化が生じた場合において、世界最高水準の 研究開発 の成果の創出並びにその普及及び活用の促進を図るため、当該知見に関する研究開発その他の対応を迅速に行うことが必要であると認めるときは、 特定国立研究開発法人 に対し、必要な措置をとることを求めることができる。
2項 特定国立研究開発法人 は、主務大臣から前項の規定による求めがあったときは、その求めに応じなければならない。
8条 （特定国立研究開発法人による研究開発等の特性への配慮）
1項 政府は、 通則法 第35条の7の規定による中長期目標の期間の終了時の検討その他通則法及び個別法（通則法第1条第1項に規定する個別法をいう。）の運用に当たっては、その 研究開発 が国際的な競争の下で行われていることその他の 特定国立研究開発法人 による研究開発等の特性に常に配慮しなければならない。