1号 函館港と北斗市との間
2号 新潟港と新潟市（内野上新町以東に限り、新潟港の水域の沿岸及び阿賀野川の沿岸を除く。）との間
3号 千葉港と京浜港、横須賀港及び横浜市（京浜港及び横須賀港の水域の沿岸を除く。）との間
4号 京浜港と横須賀港及び横浜市（京浜港及び横須賀港の水域の沿岸を除く。）との間
5号 横須賀港と横浜市（京浜港及び横須賀港の水域の沿岸を除く。）との間
6号 和歌山下津港と大阪港、尼崎西宮芦屋港及び神戸港との間
7号 大阪港と尼崎西宮芦屋港、神戸港、東播磨港及び姫路港との間
8号 尼崎西宮芦屋港と神戸港、東播磨港及び姫路港との間
9号 神戸港と東播磨港及び姫路港との間
10号 東播磨港と姫路港との間
11号 宇野港と玉野市（宇野港の水域の沿岸を除く。）との間
12号 尾道糸崎港と尾道市（尾道糸崎港の水域の沿岸、向島町、因島地区及び瀬戸田町を除く。）との間
13号 広島港と呉港、大竹港、廿日市市（宮島口から大野字鳴川までに限る。）及び岩国港との間
14号 境港と中海及び宍道湖の沿岸との間
15号 坂出港と丸亀港との間
16号 今治港の港区のうち第一区及び第二区と第三区との間
17号 新居浜港と西条港及び四坂島との間
18号 宇部港と小野田港、関門港（長府区及び響新港区港区を除く。）、北九州市門司区大字恒見及び苅田港との間
19号 小野田港と関門港（長府区及び響新港区港区を除く。）及び苅田港との間
20号 関門港（長府区及び響新港区港区を除く。）と北九州市門司区大字恒見、苅田港及び宇島港との間
21号 関門港の港区のうち門司区、下関区、長府区、田野浦区、小倉区、西山区及び若松区と新門司区との間
22号 伊万里港と長崎県福島、飛島及び今福港との間
23号 臼浦港と江迎港、鹿町町、相浦港及び佐世保港との間
24号 相浦港と江迎港、鹿町町、佐世保港、西海市大島及び崎戸港との間
25号 佐世保港と江迎港、西海市大島及び崎戸港との間
26号 長崎港と長崎市（戸石町から千々町まで、大籠町から三重田町まで、伊王島及び高島に限り、長崎港の水域の沿岸を除く。）との間
27号 三池港と大牟田港及び三角港との間
28号 三角港と八代港及び八代市（氷川と大鞘川との間に限る。）との間
29号 大分港と別府港との間
30号 津久見港と別府港及び佐伯港との間
31号 鹿児島港と姶良町、霧島市（福山町に限る。）、垂水市（牛根境、二川及び牛根麓に限る。）、桜島及び大根占港との間
32号 那覇港と真玉橋下流の国場川水面（明治橋下流の水面を除く。）との間