附 則 抄
1条 （施行期日）
1項 この法律は、海洋法に関する国際連合条約が日本国について効力を生ずる日から施行する。
1条の2 （対象水域の明確化）
1項 第3条第1項
《外国人が我が国の排他的経済水域以下単に「…》
排他的経済水域」という。において行う漁業、水産動植物の採捕漁業に該当するものを除き、漁業等付随行為を含む。以下同じ。及び探査以下この条において「排他的経済水域における外国人の漁業等」という。に関しては
の規定の適用については、当分の間、同項中「排他的経済水域」とあるのは「排他的経済水域（ 排他的経済水域及び大陸棚に関する法律 （1996年法律第74号）
第4条
《条約の効力 この法律に規定する事項に関…》
して条約に別段の定めがあるときは、その定めるところによる。
の条約の規定により我が国が 漁業 、水産動植物の採捕（漁業に該当するものを除き、漁業等付随行為を含む。以下同じ。）及び探査に関する主権的権利を行使する水域の範囲について調整が行われるときは、その調整後の水域とする。」と、「水産動植物の採捕（漁業に該当するものを除き、漁業等付随行為を含む。以下同じ。）」とあるのは「水産動植物の採捕」とする。
1条の3
1項 前条の規定により読み替えて適用される
第3条第1項
《外国人が我が国の排他的経済水域以下単に「…》
排他的経済水域」という。において行う漁業、水産動植物の採捕漁業に該当するものを除き、漁業等付随行為を含む。以下同じ。及び探査以下この条において「排他的経済水域における外国人の漁業等」という。に関しては
に規定する調整が行われる場合における同項に規定する主権的権利に関する 排他的経済水域及び大陸棚に関する法律
第3条
《我が国の法令の適用 次に掲げる事項につ…》
いては、我が国の法令罰則を含む。以下同じ。を適用する。 1 排他的経済水域又は大陸棚における天然資源の探査、開発、保存及び管理、人工島、施設及び構築物の設置、建設、運用及び利用、海洋環境の保護及び保全
の規定の適用については、同条第1項第1号中「排他的経済水域」とあるのは、「排他的経済水域（排他的経済水域における 漁業 等に関する主権的権利の行使等に関する法律（1996年法律第76号）附則第1条の2の規定により読み替えて適用される同法第3条第1項の排他的経済水域をいう。以下この条において同じ。）」とする。
2条 （適用の特例）
1項 第4条
《漁業等の禁止 外国人は、排他的経済水域…》
のうち次に掲げる海域その海底を含む。以下「禁止海域」という。においては、漁業又は水産動植物の採捕を行ってはならない。 ただし、その水産動植物の採捕が農林水産省令で定める軽易なものであるときは、この限り
から
第13条
《許可等の取消し等 農林水産大臣は、第5…》
条第1項の許可又は第9条の承認を受けた外国人が法令又は前条の制限若しくは条件に違反したときは、期間を定めて排他的経済水域における漁業又は水産動植物の採捕の停止を命じ、又は第5条第1項の許可又は第9条の
まで（
第14条第1項
《第3条から前条までの規定は、大陸棚排他的…》
経済水域及び大陸棚に関する法律第2条に規定する区域をいう。であって排他的経済水域でない区域の定着性種族海洋法に関する国際連合条約第77条4に規定する定着性の種族に属する生物をいう。次項において同じ。に
において準用する場合を含む。）及び
第14条第2項
《2 前項において読み替えて準用する第4条…》
第1項、第5条第1項及び第8条から第10条までの定着性種族は、農林水産大臣が告示する。
の規定については、政令で、当該規定ごとに 外国人 及び海域を指定して適用しないこととすることができる。ただし、政令で期限を定めたときは、その期限までの間に限る。
3条 （漁業水域に関する暫定措置法の廃止）
1項 漁業 水域に関する暫定措置法（1977年法律第31号）は、廃止する。
4条 （旧法の規定に基づく処分又は手続の効力）
1項 この法律による廃止前の 漁業 水域に関する暫定措置法（以下「 旧法 」という。）又はこれに基づく命令の規定によってした許可、承認その他の処分又は申請その他の手続は、この附則に別段の定めがある場合を除き、この法律又はこれに基づく命令の相当規定によってした許可、承認その他の処分又は申請その他の手続とみなす。
5条 （許可証又は承認証に関する経過措置）
1項 この法律の施行の際現に 旧法 の規定により交付されている許可証又は承認証は、この法律の相当規定により交付された許可証又は承認証とみなす。
6条 （罰則の適用に関する経過措置）
1項 この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
7条 （第一審の裁判権の特例に関する経過措置）
1項 旧法 の規定に違反した罪に係る訴訟の第一審の裁判権の特例に関する旧法の規定の適用については、なお従前の例による。
8条 （担保金等の提供による釈放等に関する経過措置）
1項 旧法 第23条第1項に規定する 事件 に関する同条から旧法第26条までの規定の適用に関しては、なお従前の例による。
9条 （政令への委任）
1項 附則第4条から前条までに規定するもののほか、この法律の施行に関して必要な経過措置は、政令で定める。
附 則（1998年12月18日法律第149号）
1条 （施行期日）
1項 この法律は、 漁業 に関する日本国と大韓民国との間の協定の効力発生の日から施行する。
2条 （日本国と大韓民国との間の漁業に関する協定の実施に伴う同協定第1条1の漁業に関する水域の設定に関する法律の廃止）
1項 日本国と大韓民国との間の 漁業 に関する協定の実施に伴う同協定
第1条
《趣旨 この法律は、海洋法に関する国際連…》
合条約に定める権利を的確に行使することにより海洋生物資源の適切な保存及び管理を図るため、排他的経済水域における漁業等に関する主権的権利の行使等について必要な措置を定めるものとする。
1の漁業に関する水域の設定に関する法律（1965年法律第145号）は、廃止する。
3条 （罰則の適用に関する経過措置）
1項 この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附 則（2001年6月29日法律第91号） 抄
1条 （施行期日）
1項 この法律は、公布の日から起算して9月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
附 則（2014年11月27日法律第119号）
1項 この法律は、公布の日から起算して10日を経過した日から施行する。
2項 この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附 則（2018年12月14日法律第95号） 抄
1条 （施行期日）
1項 この法律は、公布の日から起算して2年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。